Counter-strike je možné dále upravovat. Je možné přidat počítačem řízené protivníky (roboty, nebo zkráceně jen boty). Také existuje mnoho různých modifikací, které dokážou podstatně změnit vlastní hru. Příkladem je AMX Mod X (www.amxmodx.org), který přidává příkazy pro zjednodušení administrace hry a dovoluje přidávat další pluginy, které umožňují hrát Counter-strike v režimu Team Deathmatch, Capture the Flag, apod… Dalšími oblíbenými pluginy jsou:
* Warcraft 3 Mod - hráči využívají schopností jednotlivých ras. Za splnění úkolu získávate zkušenostní body (Experience, XP)- po dosažení daného počtu bodů hráč postupuje na vyšší uroveň a získá tzv. Skill bod, který může proměnit na určitou schopnost.
* Gungame - „hra se zbraněmi“ - hráči začínaji se slabší zbraní, po zabití nastaveného počtu protivníků postupují o úroň výše k lepší zbrani. Hra končí v okamžiku, kdy některý z hráčů projde celým zbraňovým cyklem. Nastavení posloupnosti zbraní a počtu zabití se liší podle nastavení konkrétního serveru. www.gungame.org
* SoccerJam - možná nejvíce bláznivým pluginem je SoccerJam - fotbal ve stylu CS.
* SuperHero Mod - podobný Warcraft modu - přebíráte schopnosti různých superhrdinů.
* zombie Mod - jeden z hráčů se stane zombie a potom honí ostatatní hráče s nožem a když je bodne tak se stanou taky zombie, nebo se hraje i verze kdy nastupuje tým zombií proti týmu policistů.
* Hide N Seek Mod - v podstatě hra na policajty a zloděje, ct mají nože a honí teroristy, teroristi mají na začátku kola určitý čas k útěku a schování se (někde 10 s někde 15 s), kdy ct vidí růžovou nebo černou obrazovku a sou znehybnění na startu. teroristi mají jen flash granáty (3x) a smoke granát. Na některých serverech funguje smoke granát jako frostnova tzn. zmrazí všechny v bezprostřední blízkosi a způsobí pár hp poškození (kolem 5 hp) a ty vzdálenější zpomalí (na cca několik sekund). V Hide N Seek nelze během hry měnit strany ručně. Pokud teroristi přežijou stanovený časový limit vyhrávají a zůstávají teroristi. Naopak když ct zabijou všechny teroristy vyhrávají ct a strany se mění.
* WoW mod neboli World of Warcraft Mod - hodne podobny Warcraft 3 Modu ale je zde více ras a maximální level je 80.
A samozřejmě plno dalších.